健行科技大學前身為創立於民國五十五年的健行工業專科學校。創校之初設有土木工程、電訊工程、建築工程及工業管理等四科六班，經 逐年擴展，於83學年度奉准改制為「健行工商專科學校」。
隨後為配合技職教育變革及自我提升，民國88學年起教育部核准改制為「健行技術學院」； 除原有專科部6科外並成立學院部及進修部，同時奉准附設專科進修學校。
民國89年1月奉准更名為「清雲技術學院」；
90學年度新增企管、行銷、資管、財金系；
91學年度增加資工及應外系，總招生系所增為12系；學制計有二技、四技日夜間、在職班、在職專班及二專日夜間、在職班、進修學校等。
91、92學年度陸續成立機械、電子、電機研究所；
92學年度奉准改制為 「清雲科技大學」；
92學年度國際貿易系更名為國際企業經營系；
93學年度成立經營管理研究所、土木與防災研究所；
94學年度新增國際企業管理研究所、中亞研究所；
95學年度土木與防災研究所更名為「空間資訊與防災科技研究所」；
96學年度新增國際企業管理研究所在職專班、電腦通訊與系統工程研究所、應用空間資訊系、物業管理學位學程及材料製造科技學位學 程；
97學年度新增資訊工程研究所及資訊管理研究所；
98學年度新增財務金融研究所；
100學年度物業管理學位學程更名為「物業經營與管理系」， 並新增餐旅管理系；
101年8月奉准恢復校名為「健行科技大學」；
102學年度新增工業管理系碩士班；
103學年起經營管理研究所更名為企業管理系(碩士班、碩士在職專班)、國際企業管理研究所更名為國際企業經營系(碩士班、碩士在職專班)
104學年度新增數位多媒體設計系。
109學年度新增「車輛工程系」，「物業經營與管理系」更名「室內設計與管理系」。
目前本校合計有17個系、1個學位學程、12個碩士班（含在職專班）。本校創校以來，培育術德兼備之有為青年無數，在董事會及歷任校長領導擘劃下，不斷增建校舍，充實設備，延攬優秀之國內外學者來校執教，加強師資陣容，期能質量兼顧，開創宏觀的新紀元。
因此本校中程校務發展計畫，依據辦學理念與願景，擬定發展目標與策略，藉由落實各項計畫，發展學校特色與優勢，在教學、研究、輔導及校務行政的推動上，結合校訓「好學有禮」，並形塑「有禮」的校園文化，讓健行科技大學成為教職員工的幸福職場，以身教及境教培養學生的職場倫理與工作態度,並發展成優質的一流大學。

55年健行工專 >88年清雲技術學院 >92年清雲科技大學 >101年健行科技大學